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改造研究的应用领域主要包括：

改造控制生长速度的微生物基因组，使微生物细胞更快地生长，利用快速生长的微生物菌株生产大宗化工产品，提高 生物过程相对于化工过程的竞争性。

限制细胞群体效应，使发酵能达到更高的密度，提高生物产品单位时间和单位体积的生产效率。

实现跨种属染色体在一个细胞共存，使细胞具有多种功能（特别是利用纤维素快速生长获得目标产物）。

开发（发明）一种普适的构建小基因组微生物底盘的技术，在此基础上整合获得功能性代谢路径，用于可控制造各种生物化工产品；

当这种共存达到平衡时，猪的肠道将是健康正常的，并且运作良好。由于营养供应和居住环境的改变，出生和断奶对仔猪胃肠道健康影响大。仔猪断奶期对于摄入的食物敏感，常发生腹泻和胃肠道疾病。仔猪的断奶时间一般为28 d，在这段时间内，饲喂的饲料对保持仔猪的健康生长至关重要。发酵产生的微生物代谢产物（例如短链脂肪酸）和乳酸菌可以被输送到断奶仔猪的肠道，对肠道菌群的形成和稳态有良好的效果。

生物发酵饲料，是一款比较新颖的饲料品类，随着现代生物技术与动物营养技术的发展应用，生物发酵饲料作为近年来的一种无抗环保型饲料正逐渐得到人们的认可。随着国家对健康养殖、无抗养殖的发展不断提出更高要求，生物发酵饲料也逐步在养殖行业中获得认可。发酵饲料不仅可以有效提高养殖动物的消化能力和抗病力，对养殖环境的改善也具有十分明显的效果。目前筛选了上佳的组合配方，主要有：乳酸菌类、枯草芽孢类、酵母菌类以及霉菌类。

对于发酵过程中使用的益生菌也没有统一的行业标准，但是常见的主要是酵母、芽孢、乳酸这三种。 这些种类微生物主要具有以下功能：能够分泌大量的蛋白酶、纤维素酶、半纤维素酶等酶类，能够快速分解底物，促进营养物质的消化吸收；产生核苷酸、维生素等物质，增加饲料的营养成分和价值；能够增强动物的力，提高动物抵抗病原菌等的侵染能力。